Microsoft .NET Framework 4.6.1 является высокосовместимым обновлением "на месте" для Microsoft .NET Framework 4, Microsoft .NET Framework 4.5, Microsoft .NET Framework 4.5.1, Microsoft .NET Framework 4.5.2 и Microsoft .NET Framework 4.6. Автономный установщик можно использовать в ситуациях, когда пользоваться веб-установщиком невозможно из-за отсутствия подключения к Интернету.